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MIZUNO GROUP

データから生命現象の新しい見方をつくる。

私たちの目標は,生命科学データに潜むパターンや関係を見出し,生命現象の理解を広げ深めることにあります。観測データと蓄積された知識を手がかりに生命の状態や関係の捉え方を考え,統計学と機械学習を用いて解析の方法を設計する。こうして得られた構造を元の観測や実験に照らして検証し,理解と予測に役立つ概念や説明へと育てていきます。

化合物による摂動と生体応答は,化合物作用を理解するうえで表裏一体の問題です。分子の表現から細胞や組織,そして個体の状態までを対象に,オミクスや病理画像などの多様なデータを通じて生体の応答と変化を理解し,その予測と制御につなげることを目指しています。

Pattern Recognition of Life Science Data
Overview figure of GLDADec, a marker-gene guided LDA model for bulk gene expression deconvolution

GLDADec: marker-gene guided LDA modeling for bulk gene expression deconvolution

Iori Azuma, Tadahaya Mizuno, Hiroyuki Kusuhara
Briefings in Bioinformatics (2024)

Inferring cell type proportions from bulk transcriptome data is crucial in immunology and oncology. Here, we introduce guided LDA deconvolution (GLDADec), a bulk deconvolution method that guides topics using cell type-specific marker gene names to estimate topic distributions for each sample.

[Paper]
Figure showing Transformer models' difficulty recognizing molecular chirality from string representations

Difficulty in chirality recognition for Transformer architectures learning chemical structures from string representations

Yasuhiro Yoshikai, Tadahaya Mizuno, Shumpei Nemoto & Hiroyuki Kusuhara
Nature Communications (2024)

We found that the Transformer requires particularly long training to learn chirality and sometimes stagnates with low performance due to misunderstanding of enantiomers.

[Paper]
Mizuno Group Members

水野班のメンバーは、教員、学生、技術専門職員で構成されています。